El Museo Alejandro de Humboldt está ubicado en una casa colonial en la Plaza de San Francisco de Asís, en la Habana Vieja. Su nombre proviene del científico alemán Alejandro von Humboldt, quien es considerado como la segunda persona en descubrir Cuba. Este es un museo científico dedicado a la biología y su principal objetivo es preservar la investigación y promover el legado histórico de Humboldt. Esta institución potencia el trabajo de personalidades cubanas e internacionales cuyas contribuciones se consideran relevantes para el desarrollo de la cultura en términos generales. Muestra la trayectoria histórica de los datos científicos y botánicos que recopiló por toda la isla a principios del siglo XIX, así como una exposición botánica que está compuesta fundamentalmente de helechos. En este museo hay una copia perfecta de un esqueleto de Kritosaurus encontrado en el desierto y donado por el gobierno mexicano, así como un enorme esqueleto de Pterosaurio, que tiene alrededor de 10 metros de longitud. La casa también tiene una sala de conferencias con capacidad para 100 personas y una biblioteca especializada en literatura alemana.

A unos pocos pasos desde la Plaza del Cristo hacia la Calle Brasil es donde se encuentra el Museo de la Farmacia Habanera de 1886. Fundado por el catalán José Sarrá, es una tienda-museo y hoy en día todavía funciona como una farmacia. El museo muestra la historia de las farmacias en La Habana y su evolución en Cuba. Esta farmacia conserva sus muebles neogóticos originales con influencias moriscas, y alberga una gran colección de botiquines y herramientas médicas, extraídas de excavaciones arqueológicas en la ciudad, así como una colección de libros con valiosas recetas para el estudio de la farmacopea cubana. El museo también exhibe una elegante maqueta de una antigua farmacia con fascinantes explicaciones históricas.

El Museo de Bomberos está ubicado en el mismo lugar donde murieron más de 20 bomberos durante un gran incendio. El objetivo de este museo es promover la prevención de incendios en toda la población y reconocer el gran trabajo que hacen los bomberos. El museo contiene una escultura de bronce de un bombero, varios tanques de agua, uniformes de bomberos y otros artículos relacionados. También tiene un auditorio y ofrece visitas guiadas y cursos de prevención de incendios para niños y adolescentes.

La iglesia y el convento de San Francisco de Asís es el escenario actual de las tradiciones culturales más ricas. Este es uno de los complejos de convento e iglesia más extraordinarios de la época colonial. La construcción del conjunto actual data de 1738, y reemplazó a una más modesta que se completó en 1591. Después de una restauración en los años noventa, el grupo arquitectónico ha albergado, también, una sala de conciertos y los museos de Arte Santo, Sagrado y Religioso. El elemento más significativo de la Iglesia es la Torre de 42 metros de altura, la segunda en altura en la época colonial.